L'épisode s'ouvre sur un flashback concernant l'une des dates les plus importantes de la série : le 13 octobre 1973. Les Aînés sont réunis dans un hangar situé sur lase militaire d'El Rico. La porte du hangar s’ouvre et de nombreux Petits Gris (= les aliens) arrivent et le Fumeur dépose un drapeau américain à leurs pieds. La scène est commentée par Mulder en voix off : « Pendant que la plupart des hommes restent dans l’ignorance, aveugles du long combat entre le ciel et la terre, certains se préparent à l’issue fatale. Ceux qui ont su évaluer la taille et la puissance de l’adversaire, doivent se prononcer face au choix suivant : se battre pour résister, ne pas se plier à la volonté d’un ennemi redoutable ; ou bien collaborer, devenir le bras de l’ennemi pour leur propre survie. Ces gens pensent que l’absence de défaite est une victoire, et que cela suffit à justifier n’importe quel sacrifice… »
Retour au présent. Cassandra arrive à l’appartement de Mulder, effrayée. Elle essaye de convaincre Mulder qu'il doit la tuer, c’est la seule issue possible. Mulder pointe son arme sur Cassandra tandis que Scully lui crie de ne pas tirer. Quelqu’un frappe à la porte. Soudain, celle-ci explose et une dizaine d’hommes, tous en combinaison anti-contamination, affirment qu’ils viennent du Centre des Maladies Infectieuses. Diana Fowley est là également, clamant qu’ils ont tous été contaminés par quelque chose. Ils sont tous emmenés à Fort Marlène, où Mulder et Scully prennent une douche de décontamination. Cassandra est séparée d'eux Les vêtements de Mulder et Scully sont détruits. Diana s’excuse auprès de Mulder et Scully mais elle affirme que Cassandra est contaminée par un mal étrange et que c’est l’agent Spender qui a appelé le Centre des Maladies Infectieuses (CMI). Scully dément formellement : Cassandra n’a jamais et elle exige de la voir. Scully pense que les expérimentations sur Cassandra continuent mais Mulder pense que Cassandra savait qu’elle devait être tuée pour éviter que tout ceci ne se produise.
Pendant ce temps, au QG du Syndicat à New-York, une réunion se tient. Le premier Aîné dit à l'Homme à la cigarette qu’il faudrait qu’ils tuent Cassandra car sinon la colonisation commencerait dès maintenant. Le Fumeur répond que c’est peut-être la seule solution : que la colonisation commence pour qu’ils restent en vie ainsi que leurs familles.
Alors que Mulder, toujours coincé au CMI, cherche à se procurer de nouveaux vêtements, son chemin croise celui de Marita Covarrubias. Cette dernière semble être très malade. Elle explique qu’on lui a fait des tests et qu'on a pratiqué sur elle des expériences depuis qu'elle a été vaccinée contre l'Huile noire et s'est rétablie (cf Patient X - partie 2). Elle a de nouveau été soumise au virus, à plusieurs reprises, et à chaque fois le vaccin lui a été injecté pour déterminer comment son organisme réagissait. Mulder réalise alors que le programme d’hybridation était réalisé avec la coopération des aliens mais que c’était juste un moyen de gagner plus de temps pour trouver un vaccin. Si jamais ceux-ci apprenaient l’existence d’un hybride parfait, alors ils commenceraient la colonisation.
A Fort Marlene, Spender et Fowley vont voir Cassandra que Jeffrey a fait placer dans une chambre d’isolation pour la protéger (apparemment il ne sait pas que Fort Marlene est un lieu de tests du Consortium). Cassandra dit qu’elle doit être prise par le Consortium afin d’être tuée sinon toute la population va mourir.
Après avoir été relâchés du CMI, Mulder et Scully se rendent au repaire des Lone Gunmen. Scully leur a demandé de faire des recherches sur Diana Fowley mais Mulder semble ne pas vouloir écouter ce qu'ils ont appris, arguant qu'il la connaît ce qui n'est pas son cas. Scully confirme mais elle lui dit qu’il ne sait pas tout. Il semblerait en effet que Diana aurait voyagé à travers l’Europe et parlé aux membres de MUFON (cf « Monstres d’utilités publique » partie 1 et partie 2) qui ont été enlevées mais elle a aussi été en Tunisie et dans tous les centres MUFON pour collecter des infos sur toutes les femmes enlevées. Scully demande à Mulder pourquoi elle est soudainement revenue dans sa vie à un moment alors qu'il s'approche de plus en plus de la vérité. Pour elle, ce n'est pas une coïncidence. Elle soutient qu'il lui avait demandé de ne faire confiance à personne mais Mulder a fait confiance en Diana uniquement parce qu'il la connaît et qu'elle dit être son alliée. Mulder affirme qu'il n'y a pas de lieu de s'inquiéter du camp de Diana. Scully très vexée lui dit enfin qu’elle ne peut plus rien faire pour lui... Il semble pourtant que le doute se soit insinué dans l'esprit de Fox (vive Dana!) qui décide de rendre visite à son ex. Elle n'est pas chez elle et il n peut donc pas la confronter. Il décide de pénétrer par effraction à son domicile pour fouiller ses affaires et tombe nez à nez avec l'Homme à la cigarette. Fox le menace mais celui-ci ne semble pas s'en soucier et rappelle qu'ils ont déjà vécu une telle situation (cf Coma) Smoking Man dit qu’il est venu pour voir son fils parce qu'il a choisi le mauvais camp. Il explique également à Mulder tous les évènements depuis Roswell. Le Syndicat avait voté pour savoir s'il devait être du côté ou non des Colonisateurs en 1973 ce qui avait provoqué leur scission et la formation de leur propre agence gouvernementale. Ils n’avaient pas le choix : sacrifier leurs fiancées et leurs enfants dans l’espoir de les retrouver un jour sains et saufs. Bill Mulder ne l’avait pas accepté : il était le seul qui ne voyait pas leur survie comme une ultime idéologie. CGB lui dit aussi que sa soeur a été enlevé dans sa propre maison car Bill Mulder avait fini par comprendre , bien que trop tard, la nécessité de donner un enfant aux Colonisateurs et qu’ils avaient insisté. L'acceptation de pacte avec le Diable permettait au Consortium d'entrer en possession d'un foetus alien qui leur a servi de base génétique pour mener à bien le Projet et travailler, en secret, sur un vaccin pour détruire les Colons et empêcher leur plan d'être mis en place. CGB précise que Bill Mulder était à l'origine de cette idée de vaccin et ajoute que la colonisation va commencer parce qu'ils sont parvenu à créer un hybride parfait : Cassandra. Il explique la manière dont va se dérouler l'invasion : une série d’évènements catastrophiques va avoir lieu et l’état d’urgence sera déclaré car de nombreuses attaques d’abeilles tueuses portant le virus commenceront (cf « Herrenwolk », « Nid d’abeilles » , « Combattre le futur « et « La vérité est ailleurs - partie 1 »). Si Cassandra survivait et que les aliens la trouvaient, la colonisation pourrait commencer. C’est pourquoi elle doit être tuée avant que les rebelles n'interviennent pour la reprendre et donc mettre fin au double projet que conduit le Syndicat depuis plus de 50 ans. Il donne ensuite à Mulder un morceau de papier et lui précise qu'il lui donne le choix entre survivre ou mourir avec le reste du monde puis il s'en va. Diana rentre chez elle après leur altercation et Mulder lui parle de la conversation qu'il vient d'avoir avec le Fumeur. Il dit que parfois la seule voie pour ne jamais oublier ceux que l’on aime est de partir. Elle regarde le fameux papier et voit qu'est notée l'adresse du hangar d'El Rico : en s'y rendant, ils pourront échapper à la colonisation. Fowley embrasse Mulder et le prend dans ses bras mais il ne répond pas vraiment à son étreinte.
A New-York, Krycek trouve Jeffrey Spender dans le salon du Consortium. Il est à la recherche de son père mais Alex lui apprend qu'il est parti, comme tous les autres membres à la base militaire d'El Rico où doit se tenir un rendez-vous avec les envahisseurs. Ils seront ensuite transportés à bord de leur vaisseau où ils pourront recevoir l'Huile noire et constituer la race d'élus qui survivra à l'invasion de la Terre. Avant de rejoindre ses pairs, CGB doit cependant passer récupérer Cassandra pour la livrer à ses tortionnaires. Jeffrey dit qu'elle est en sécurité mais Alex réfute cette assertion et, comme pour lui donner raison, nous voyons le Fumeur faire préparer Cassandra pour son dernier voyage. Il demande à lui parler en privé. Elle l’appelle ”le bourreau le plus ignoble de tous” et il ne se défend pas excepté pour dire que sans ses actions, tout le monde serait mort. Elle le supplie de la tuer, de stopper la Colonisation mais il ne peut pas (ou ne le veut pas!). Spender se précipite à Fort Marlene mais sa mère est déjà partie. Il trouve Marita qui lui demande de l’aider. Elle dit que tout le monde est parti et que personne n’est venu pour elle. Elle lui dit aussi qu’elle sait où sa mère se trouve et comment elle a été enlevée. Dans le même temps, Krycek est revenu à la base pour s'approprier le foetus alien et découvre que celui-ci est tout aussi absent que Cassandra. Le foetus a en fait été volé par un rebelle métamorophe. Il tombe alors sur Spender, qu'il accuse d'avoir laissé filer son père en possession de leur dernière chance de tout arrêter, et voit Marita. Spender dit qu'elle est prête à coopérer et tout révéler s'ils la font sortir de cet endroit. Krycek, lugubre, annonce alors qu'il est trop tard pour ça...
Suite à sa discussion avec CGB et Diana, Mulder appelle Scully et lui fait part des derniers événements. Il souhaite qu'elle l'accompagne à El Rico afin qu'elle soit sauvée mais elle lui apprend que Spender l'a contactée pour lui dire qu'il savait où se trouvait sa mère. Elle est actuellement dans un train qui la transporte vers son destin. Comprenant qu'ils ont encore une chance de tout stopper, Mulder force Diana à partir pour El Rico et décide de rejoindre Scully pour tenter d'abattre Cassandra et ainsi éviter la colonisation de la Terre. Ils ne parviennent cependant pas à arrêter le train et sont bientôt rejoints par Skinner qui les membres du Syndicat et leurs familles arrivent et sont très vite rejoints par le Fumeur et son ex-femme. CGB remarque que des gens manquent à l’appel, notamment Alex Krycek. Diana Fowley arrive en voiture sur les lieux peu après. Un vaisseau spatial descend sur la base. C'est la panique dans le hangar car les Aînés n'ont pas encore donné le signal qui devait autoriser l'OVNI à se poser. Soudain, les rebelles sans visage surgissent incendient tout le monde. Tout le monde ou presque...Fowley et le Fumeur s’échappent de justesse et partent en voiture loin de la base.
Dans le bureau de Kersh, ce dernier regarde les photos des corps calcinés découvert à la Base d’El Rico. Il semblerait qu’ils aient tous été brûlés. Mulder, Scully, Skinner et Spender sont présents. Kersh dit à ce dernier qu’il est désolé pour sa mère. Mais celui-ci dit qu’il n’est pas venu pour cela mais pour dire qu’il est le responsable de tous ces morts, qu’il n’a pas pu les prévenir à temps. Kersh veut une explication approfondie. Spender dit que Mulder et Scully pourraient expliquer ce qui s’est passé et Kersh exprime son mécontentement en rappelant qu'ils étaient tous les deux suspendus et n'auraient jamais du s'occuper d'une telle affaire. Jeffrey intervient alors en leur faveur et demande à ce qu'ils soient réintégrés aux X-Files pour éviter que d'autres catastrophes se produisent puis il quitte le bureau. Kersh est furieux et exige que Mulder lui epxlique pourquoi de telles informations n'ont jamais été communiquées aux autorités compétentes (la bonne blague!!) : ce à quoi Mulder répond, avec raison, que personne ne l’écoute jamais…
Peu après, l’agent Spender trouve son père dans son bureau mais il lui demande de partir. Son paternel lui dit qu'il l'a déçu puis il s'empare d'une photo posée sur le bureau : il s'agit de celle que Scully avait montrée à Mulder figurant CGB Spender et Bill Mulder en 1973. Il lui dit qu’ils étaient deux pères, que cela voulait dire quelque chose. Bill Mulder était un bon ami à lui, qui l’avait trahi à la fin. Spender lui dit qu’il en sait assez sur lui pour le haïr. Ce dernier répond que la mère de Jeffrey avait vu juste. Il était venu espérer autre chose. Il espérait que son fils vivrait en l’honorant, comme le fait le fils de Bill Mulder. Pour calmer sa déception, il pointe sur arme sur son fils et lui tire dessus!